בצורה קלאסית מתחילה המחלה בהגדלה של הבלוטה (לעתים נדירות ייתכנו כאב מתון, רגישות ודחיקה של מבנים באזור הצוואר) והתפתחות הדרגתית של היפותירואידיזם (תת תריסיות) הנובעת מהרס התאים המייצרים את ההורמונים, על ידי מערכת החיסון. ניתן לחלק את התפתחות המחלה ל- 3 שלבים: בשלב הראשון, יש פעילות יתר של בלוטת התריס (היפר-תיירואידיזם). לאחר מכן יכולה להיות פעילות תקינה כביכול, למרות שהמחלה מתקדמת (נובע מכך שהתאים הנותרים מתרבים ומייצרים כמות תקינה של t3 ו- t4). בשלב השלישי, כל התאים נהרסים והתוצאה הינה תת-תריסיות.
כשמתעורר חשד למחלת בלוטת התריס מתחילים את האבחון בבדיקת רמות ה- TSH (תירוטרופין), הורמון המופרש מההיפופיזה שתפקידו לעורר את פעילות בלוטת התריס). כשבבדיקת דם מתגלה רמה גבוהה של הורמון TSH, זה מצביע על חוסר בהורמוני בלוטת התריס, דבר הגורם למשוב חיובי על ההיפופיזה לשחרור TSH נוסף. בדרך כלל, על מנת לאבחן את המחלה, תספיק בדיקה זו יחד עם בדיקה לנוכחות נוגדנים נגד בלוטת התריס (התירואיד).
במקרים הקשים יותר לאבחון ניתן לבצע בדיקות נוספות (אולטרסונוגראפיה, ביופסיה, בדיקת רמות הורמון והורמון חופשי בדם). אצל 90% מהחולים נמצאת בסרום נוכחות של נוגדנים נגד TPO (פראוקסידז של בלוטת התריס). ה-TPO הוא אנזים ממברנלי (אנזים המעוגן בקרום התא), שתפקידו בבלוטת התריס הוא חמצון יון היוד והבאתו למצב אנרגטי שיאפשר את סינטוז הורמוני הבלוטה. 20-50% מהחולים מציגים נוגדנים נגד תירוגלובולין. חלבון זה מיוצר על ידי תאי הבלוטה ויש לו תפקיד בהובלת תירוזין (חומצת אמינו שהיא אבן הבניין העיקרית של הורמוני הבלוטה). במצב של הרס הבלוטה ישנה "בריחה" של תירוגלובולין לפריפריה ויצירת נוגדנים נגדו. הופעת נוגדנים אלה מעידה על פעילות אינטנסיבית של מערכת החיסון נגד הבלוטה.
לשאלות בנושא הגשת תביעת רשלנות רפואית על מחלת השימוטו, ניתן ליצור קשר עם עו"ד ענת מולסון שפרטיה משמאל